林彪以及“四人帮”反革命集团，在 “文革” 期间做了好些坏事，全党乃至全国人民对他们犯下的罪行满怀义愤。然而陈云同志秉持着冷静的头脑，客观地去评价每一位重要的党史人物。哪怕是面对像林彪这样极为特殊的人物，陈云也并非片面且简单地看待问题，既不会因为他早年做过某些工作就去掩盖他在 “文革” 里的罪行，也不会因其晚年的罪行而否认他在战争年代所发挥的作用。
1971年9月下旬的时候，陈云在知道了“九一三”事件之后，非常气愤地讲道林，彪整出让人如此震怒之事情，实在是毫无良知可言！在提及东北解放相关问题的时候指出，陈云过去党内的同志对于东北解放战争当中林彪所发挥的作用评估得过高了，而这样的评估并不契合实际情况。他还往中央递交了名为《我对林彪的揭发》的相关材料。
可是，陈云于对林彪那极具极“左”性质的错误路线实施批判之际，并未单纯地去抹杀林彪于军事上曾存有过贡献的这一事实。在20世纪80年代之时，他于接见《辽沈战役》剧组时较为客观地作出指出：“林彪尽管在后续的政治方面犯下了极为严重的错误，然而必须将林彪的功绩与过失加以分开，要把发生在战争时期的情况和建国之后的情况予以分开，要把军事范畴同政治范畴进行分开。尤其是在军事层面，林彪针对中国革命人民的解放战争，是作出过重大贡献的。”。以后在展现此类题材时，务必依照历史唯物主义的准则，将功过是非区分开来，不能因后续的政治失误就去否定既往的历史功绩，如此行事会对诸多的人造成伤害的。
对于林彪以及“四人帮”这两个反革命集团，陈云秉持着主张予以区别对待和处理的态度。陈云曾经对浙江省委书记铁瑛讲道：要将处置“四人帮”与处置林彪反革命集团区分开来，“四人帮”这般的人给国家带来灾祸，祸及百姓，在“文化大革命”的十年当中把坏事做尽。并且在战争时期，他们未曾立下任何战功。林彪反革命集团却有所不同，他们主要来自部队。就像黄、吴、李、邱他们，还有林彪，以往这些人参与过诸多战斗，也立下过各类战功。他们如今犯下罪行，理应进行处理，然而与“四人帮”应当存在区别。
对于在“文革”期间积极投身“四人帮”反革命集团活动，进而制造诸多冤假错案的康生，陈云同志目光如炬，判断精准，凭借大量的史实揭下了康生的真实面目，摘掉其一顶“无产阶级革命家与反修战士”这般的桂冠。在1978年11月的中央工作会议之上，陈云表明：“‘文化大革命’起始阶段，康生同志身为中央文革的顾问，那时随意点名，对致使中央各部以及国内各地出现党政机关瘫痪状况是负有重大责任的。”。康生同志所犯错误程度相当严重，中央理应于恰当的会议之上，针对康生同志的错误予以与之相称的批评。
一九七九年三月六日，陈云在会见前来访的马来亚共产党总书记之际，再度指出，康生犯下过两次重大错误，皆为极“左”性质。一次是在延安整风的后期实施“抢救运动”；另一次是在“文化大革命”期间胡乱点名，大约点了六百个人以上，且均为高级干部。其对于中央以及地方党政各级机关陷入瘫痪状况负有极大责任，是存在民愤的。正是鉴于陈云的精准评判，中纪委周密地调查了康生所存在的问题。中共中央依从于中纪委所呈交的审查报告进而作出决定，将康生的党籍予以开除，把在其离世之际所立下的悼词予以撤销，就此把他那真实的面目给揭露开来了。
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